Con el objetivo de incrementar en cantidad y calidad los servicios del CISME se identificaron áreas de investigación y desarrollo específicas a partir de las cuales se configuraron grupos de trabajos. Estos equipos formados por investigadores, técnicos, pasantes y becarios del CISME generan y aplican conocimientos actualizados para el desarrollo de nuevos métodos de microscopía electrónica de interés para nuestros usuarios, por ello también los denominamos Incubadoras de Servicios.

EMMA: Electron Microscopy for Medical Applications. Desarrolla y ofrece métodos de microscopía electrónica con aplicación en medicina. Ej: biopsias.

SERAFO: Servicios Ambientales y Forenses. Desarrolla y ofrece métodos de microscopía electrónica para su aplicación en problemáticas ambientales y del ámbito forense. Ej: Determinación de la presencia de trazas de disparo de bala en muestras tomadas a partir de la piel y de ropa.

GEOSEM: Microscopía Electrónica de Barrido en Geología. Desarrolla y ofrece métodos de microscopía electrónica para su aplicación en estudios geológicos. Ej: Métodos para la prospección minera y de hidrocarburos.

BiDA. Bioimaging Data Analyses. Desarrolla y ofrece métodos de análisis de datos de imágenes generadas por microscopía electrónica junto con base de datos organizadas y sistematizadas. Ej: Desarrollo y puesta en valor del Repositorio Digital del CISME (ReD-CIME).

NANOBIO. Aplicación de métodos de microscopía electrónica en nanobiociencias. Ej: Desarrollo de métodos de tinción negativa para la visualización de single particles por TEM.

INMICRO. Aplicación de métodos de microscopía electrónica para la Ingeniería Microbiana. Ej: Desarrollo de métodos para el estudio ultra-estructural de microorganismos con potencial biotecnológico: Microorganismos como nanofábricas.