Microtomía  describe la técnica de producir cortes suficientemente finos para la observación en el microscopio electrónico de transmisión.

A  través del ultramicrotomo se obtienen cortes finos de 20 a 60 nm.  Algunos micrótomos también pueden hacer cortes gruesos de 1 a 5 mm.

El CIME cuenta c on 2 salas de microtomía, cada uno con un ultramicrótomo y un microscopio óptico. Se procesan materiales para ser observados en el microscopio electrónico de transmisión. La mayoría de las muestras son para investigación, también se reciben muestras hospitalarias de biopsias renales y de piel. Generalmente se observan tejidos animales, humanos y plantas, también microorganismos como bacterias, levadura, virus, etc. El tipo de material no debe ser muy duro, ya que no puede ser cortado con las cuchillas de vidrio y/o diamante.

En el centro ingresan  anualmente más de 200 muestras de destino tipo, de las cuales aproximadamente 50 corresponden a biopsia renales y de piel.

Además el centro procesa muestras y realiza cortes gruesos para ser observados en el microscopio óptico, a pedido